由于近亲结婚的夫妇，双方有较多相同的基因，容易对生存不利的隐性有害基因在后代中传递即纯合)，因而容易出生素质低劣的孩子。据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ~ 6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配非近亲婚配)时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体患者)。而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
因此，根据我国目前的人口形势和医疗水平，为了尽量减少近亲结婚造成的遗传缺陷，规定直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。
